Die Diagnose einer Schleimhautentzündung erfolgt in der Regel zunächst durch eine gründliche Anamnese, das bedeutet, durch ein Gespräch zwischen Arzt und Patient. In diesem Kontext werden auch die Lebensgewohnheiten des Patienten thematisiert, um schon auf diesem Weg Rückschlüsse ziehen zu können. Aufschlüsse können zum Beispiel die Essgewohnheiten des Patienten geben. Im Anschluss folgt bei der Diagnose einer Schleimhautentzündung meist die gründliche körperliche Untersuchung. Häufig wird diese durch Blutuntersuchungen im Labor ergänzt. Im Fall einer Schleimhautentzündung im Darm wird häufig auch eine Stuhluntersuchung durchgeführt. Bei der Schleimhautentzündung in der Gebärmutter wird häufig ein Abstrich genommen, welcher dann im Labor untersucht wird.

In vielen Fällen lassen sich die Symptome einer Schleimhautentzündung bereits durch eine Umstellung der Lebensgewohnheiten bessern. Insbesondere für Schleimhautentzündungen in Magen, Darm, Mund und Nase bedeutet das, dass zum Beispiel eine ausgewogene leichte Kost die Therapie einer Schleimhautentzündung begünstigen kann. Auf scharf gewürzte Speisen, sehr heiße oder sehr kalte Nahrung sowie Alkohol- und Nikotinkonsum sollte verzichtet werden. In einigen Fällen, besonders dann, wenn der Patient unter starken Schmerzen leidet, werden zur Therapie einer Schleimhautentzündung auch Medikamente verordnet. Selten wird ein operativer Eingriff nötig.

Insbesondere bei Menschen, die eine Chemotherapie oder Strahlentherapie machen, kann eine Schleimhautentzündung als Nebenwirkung auftreten. Denn die Chemotherapie kann die Schleimhäute angreifen, die sich in der Folge entzünden. Gerade bei Menschen, die diese Therapie machen, sind darum einige präventive Maßnahmen zu beachten. So kann einer Schleimhautentzündung etwa vorgebeugt werden, indem auf eine Vollwertkost geachtet wird. Das bedeutet, dass scharfe, stark gewürzte Speisen nicht oder nur sehr selten konsumiert werden sollten. Auch der Alkohol- und Nikotinkonsum sollte eingeschränkt werden. Zudem sollten besonders Schmerzmittel nicht ohne Rücksprache mit dem Arzt eingenommen werden, da diese eine Schleimhautentzündung begünstigen können.